Nguyên liệu chủ đạo của nem chua Thanh Hóa là thịt, phải là loại thịt nóng, nghĩa là khi lợn vừa mới xẻ thịt thì người thợ làm nem phải chọn những miếng thịt tươi ngon nhất để chuẩn bị chế biến và không được để lâu. Bởi nếu thịt nguội khi xay thịt nem sẽ không có độ bóng cũng như sự kết dính trong quá trình lên men. Ngày trước khi chưa có máy xay người thợ phải giã thịt bằng tay.
Bước tiếp theo của quá trình làm nem chua Thanh Hóa là trộn hai hỗn hợp này với đường, rượu, tiêu, bột ngọt, men mật mía và các phụ gia tự nhiên khác rồi gói. Mỗi một chút nem được người gói cho kèm thêm vài lát ớt, tỏi, lá đinh lăng. Những phụ gia này có tác dụng làm cho hương vị nem trở nên ngon hơn, hấp dẫn hơn và cũng là để cân bằng giữa lạnh và nóng.
Lá chuối gói nem chua Thanh Hóa thường là lá chuối ngự, chuối hột vừa xanh vừa dày, để đảm bảo trong quá trình vận chuyển và lưu giữ nem tiếp tục lên men. Để bảo quản được dài ngày, người thợ thường bọc giấy bóng thêm bên trong nem. Thông thường nem gói sau 1 ngày đối với trời nắng và 2 ngày đối với trời mát là nem chín, có thể dùng được. Bóc lớp lá chuối màu xanh ở ngoài, đã thấy lộ ra màu hồng của thịt, màu trắng của thịt và sợi bì, màu đỏ của ớt. Khi thưởng thức sẽ gặp vị chua thanh của thịt, dai giòn của sợi bì, cay của ớt, thơm của tỏi, chát ngọt của đinh lăng hương vị rất riêng mà không phải nơi nào cũng có.